W 1519 r. król Zygmunt I Stary przyjechał do Torunia i wezwał mistrza krzyżackiego jako lennika, lecz ten nie raczył odpowiedzieć. Wówczas wojska polskie wkroczyły na ziemie Zakonu. Rozpoczęła się ostatnia wojna polsko-krzyżacka. Decyzją biskupa Warmia zachowała neutralność, jednak obie strony konfliktu operowały na jej terytorium
Ze zmiennym szczęściem zajmowano i niszczono wiele miast i wsi. Jak zawsze, najbardziej cierpiała przy tym ludność cywilna. Wiosną 1520 r. Krzyżacy zajęli Braniewo, spalili nawet część Fromborka. Kiedy jesienią zagrożony był Olsztyn, Kopernik został komisarzem Warmii z szerokimi uprawnieniami. Nowy rządca działał sprawnie. 21 grudnia do obrony przybyło 100 konnych, w drodze były zamówione proch, ołów i hakownice. 16 stycznia 1521 r. Krzyżacy wkroczyli na przedmieścia Olsztyna, ale Kopernik zignorował pisemne wezwanie do poddania miasta i zamku. Dziesięć dni później olsztyńska załoga odparła najsilniejszy z dotychczasowych szturmów.
W sumie Mikołaj przebywał z różnymi przerwami w Olsztynie przez kilka lat, ale nie zaniechał naukowej pracy. Przeprowadzał obserwacje astronomiczne, posługując się instrumentami przywiezionymi z Fromborka. Sporządził też pod jednym z zamkowych krużganków widoczną do dziś tablicę pomiarów astronomicznych.
Kopernikańska ekonomia
Przez lata Kopernik pozostawał bacznym obserwatorem stosunków gospodarczych, przecież przez długi czas prowadził interesy kapituły warmińskiej. Owocem jego przemyśleń był słynny Traktat o monecie, w którym uczony przedstawił przyczyny problemów gospodarczych i proponował, jak im zaradzić. Same Stany Pruskie, a więc najważniejsi spośród duchowieństwa, mieszczaństwa i szlachty Prus, poprosiły prawie 50-letniego Mikołaja o uczestnictwo na zjeździe w Grudziądzu. I tu niespodzianka. Jego wystąpienie okazało się nieoczekiwanie ostre, skierowane przeciwko rządzącym. Kopernik napiętnował psucie pieniądza przez władców oraz zaniechania i błędy w administrowaniu krajem, co cyklicznie doprowadzało do inflacji, w konsekwencji rozszerzając obszar niedostatku i biedy. W przemowie zwracał uwagę:




